汉武帝晚年受小人迷惑，因巫蛊之术发动了一件震惊朝野的大事，此事件牵连的范围甚广人员甚多，从皇后、太子到丞相再到普通百姓，受害者达数十万人，史称巫蛊之祸。
西汉征和二年(91)，65岁的汉武帝疑心越来越重，恰巧有一天，他在自己住的建章宫内，发现一个拿剑的可疑男人，汉武帝即刻命人捉拿，不料那人却飞速逃跑了，汉武帝只捡到那人遗落的一把剑。接着掌管宫门的负责人都被处死了。整个长安城内被大搜捕了11天，这件事不了了之。
汉武帝从此以后更加疑神疑鬼，有一次，他大白天梦见有好几千木头人手持棍棒要打死他，汉武帝又惊又怕，病倒了，记忆力也开始减退。
汉武帝的宠信江充，这是个阴险的小人，搅屎棍一般的存在。他特别爱打小报告。仗着汉武帝对自己的宠信，更加肆无忌惮。就连太子公主都忌惮他几分。
江充平时没少得罪东宫。他作恶多了，自以为太子刘据、卫子夫皇后一定会找他报仇。他见汉武帝年纪又老又有病来日不多，他担心汉武帝死后，太子刘据会剁了他，于是便设了一个毒计。
他知道汉武帝最恨巫蛊之术，他就密报汉武帝说有人玩小木人咒诅皇帝，这才使汉武帝病重。汉武帝对江充的话深信不疑，就让江充为使者，主抓巫蛊案。凡是发现谁刻小木头人，还在上面写上被诅咒者的生辰八字，扎上针，埋在地下就会被判重罪。古人相信被诅咒的人轻则生病，重则死亡。汉武帝也很相信这种巫术，很忌讳这个，生怕有人诅咒自己死。
江充瞅准机会在东宫偷偷埋下小木人，还整一个铜制的，代表皇帝，栽赃陷害太子。然后他派兵捉拿太子，自然不费吹灰之力就搜出了证据。太子懵逼了，百口莫辩，他自知无论如何也无法洗清自己的冤屈，只好起兵自卫，动静闹得越来越大。
汉武帝在甘泉宫闻讯，以为太子造反，他立命丞相刘屈嫠调兵平乱。双方大战五日，数万人死亡，长安城内血流成河。
最终太子兵败，逃亡到长安东边的湖县泉鸠里，追兵赶到重重包围了他，太子自知难逃此劫，悬梁自尽。太子的品级较高的妾室(良娣)及二子一门被灭，只留下一个婴儿被太监藏了起来才得以存活，他就是后来的汉宣帝。
卫长公主、诸邑公主、阳石公主也死于巫蛊之祸中，卫皇后被判为同谋罪自杀身亡；御史大夫和丞相司直被判了失职罪腰斩处死了。司马迁的好友任安当时按兵不动，被定为观望罪，判了死刑。江充利用酷刑对反对自己的人大加迫害，一时间受牵连者又是几万人。
皇后与太子冤死后，田千秋等大臣上书为太子洗冤，汉武帝在众人的劝告下慢慢醒悟过来。他彻底明白了太子刘据并非存心造反只是被人陷害惶恐不安才起兵自卫，这一切都是江充设的局。汉武帝在悲愤懊悔中灭了江充三族，男女老少都杀尽，处死宦官苏文。为了寄托对儿子和孙子的思念汉武帝在湖县建“思子宫”。又造了一座高台，叫作“归来望思之台”，天下为之悲泣。
汉武帝是中国封建王朝中最杰出的君主之一，政治家、军事家。他一生南征北战，开辟了辽阔的疆域、奠定了汉王朝强盛的基础，但是晚年迷信思想严重，宠信小人，导致骨肉相残，后悔晚已。
