郑氏本是海商之家，开创者郑芝龙早年即以台湾为基地，亦商亦盗。后接受明朝招安，崇祯年间官至福建总兵，假借明朝政府的名义和力量铲除与之竞争的其他海盗、海商集团，成功垅断了东南沿海的贸易。明朝灭亡后，郑芝龙又因拥立唐王朱聿键在福建称帝，权倾朝野。当清朝以「三省王爵」相诱，郑芝龙不顾长子郑成功的劝阻，背弃南明投降清政府。

可以说，作为台湾郑氏的开创者，郑芝龙一生所作所为都是为了个人利益、海商集团利益，毫无「忠君爱国」之念，这是其亦商亦盗的海商本性决定的。郑成功作为郑芝龙长子，东南沿海最庞大的海商集团继承人，其成长路径原本应该与父亲一样，但已经成为明朝官员的郑芝龙为他安排了另一条路，习儒学以跻身明朝士大夫集团，由此改变了郑氏海商集团的命运。

明朝崇祯三年（1630），六岁的郑成功从日本回到福建泉州后即修习儒学，十四岁中秀才，十七岁就在父亲安排下迎娶泉州籍礼部侍郎董飏先侄女为妻。1644年，郑成功前往南京进入国子监就读，后又师从东林党领袖钱谦益。按照这一路径，郑成功未来可能是一介世家公子，也可能是一位东林党人，但一切都因郑芝龙的降清改变。

清朝顺治三年（1646）郑芝龙降清后，郑成功「携所着儒巾蓝衫，赴文庙哭焚之，四拜先师，仰天曰：昔为孺子，今为孤臣，向背去留，各有作用，谨谢儒服，惟先师昭鉴之」，与前半生作别，从此走上抗清之路。同年，郑成功在金门招揽郑芝龙旧部起兵反清，誓言：「本藩乃明朝之臣子，缟素应然；实中兴之将佐，披肝无地！冀诸英杰，共伸大义。」

以金门、厦门为根据地，郑成功经过多年抗清斗争，不仅威震闽粤，还重建了郑氏对东南沿海海上贸易的垅断地位。有感于地方频得频失，中兴明室遥遥无期，郑成功决定北伐南京以改变抗清局势。1657年，郑成功率军北上，攻克浙江台州后，因清军大举进攻闽安镇，担心金厦不保，不得不回师福建。次年，郑成功再次北伐，却在浙江舟山群岛大洋山附近遭遇颱风损失惨重，不得不又一次退兵。

1659年，郑成功再一次北伐，另一支抗清力量浙东张煌言部也出兵配合，双方共计十七万水陆大军围攻南京。「大江南北，无不争先献册上印，南及徽宁，西及九江，俱遥通款。禁中闻风思动，两浙人心惶惶，将吏坐观向背，满兵望风退缩，不敢争锋……报至北京，举朝震骇，诸王固山议出师，逡巡莫敢任。」郑成功在去南京途中也志得意满地赋诗一首，「缟素临江誓灭胡，雄师十万气吞吴。试看天堑投鞭渡，不信中原不姓朱！」

然而，在南京之战中，被胜利冲昏头脑的郑成功，贻误战机，致使清军援兵齐至。郑成功遭遇他一生最惨重的失败，部卒只剩数万人，精锐大部丧失，十几员大将阵亡，「十年之功，毁于一旦」。从此郑成功再也没有能力对清军发动大规模进攻，同时他也意识到「金、厦仅滨海二孤岛，安能郁郁久居此哉」，他开始为反清大业谋划出路，这个出路就是郑芝龙曾经盘踞之地，后被荷兰佔据的台湾。

郑成功派驻台湾的代表何斌称，「台湾沃野千里，霸王之区……且横绝大海，肆通外国……移诸镇兵士眷口其间，十年生聚，十年教养，而国可富、兵可犟，进攻退守，真足与满虏相抗衡也。」他将台湾地图献给郑成功，水路地势尽在图中。

1661年，郑成功亲率郑军主力两万五千人跨海进军台湾，经8个月浴血奋战收復台湾。荷兰人曾试图以「年年照例纳贡……送劳师银十万两」，换取继续佔据台湾，遭郑成功断然拒绝：「台湾者，早为中国人所经营，中国之土地也。」随后，在郑成功的武力压迫下荷兰人投降，郑成功改台湾城为东都，並将郑军将士、官员家属迁居台湾，开始将抗清根据地由金厦移往台湾。

在武力抗清的同时，出于儒生的本能，郑成功还在其控制范围内大兴儒学。以经世致用改造程朱理学，在四书五经中尤为推崇《春秋》，犟调「春秋大义」，严「华夷之辨」，守君臣之义，注重民族气节。以儒家思想确立了反清復明的思想基础，可能也有以儒家大义改造郑氏海商集团的意图在内。还在厦门设立储贤馆以安置明朝遗臣、闽浙缙绅及儒生名流，设立育胄馆以教育阵亡将士后代。

郑成功抗清期间，清政府曾多次提出议和，试图招降都被郑成功以各种理由拒绝，甚至以郑芝龙性命相威胁也不能使郑成功屈服。就在郑成功收復台湾同年，清政府见招降郑成功无望，将郑芝龙及其子郑世恩、郑世荫等全家十一口诛杀。消息传到台湾，郑成功虽早有心理准备，仍悲痛不已，又念及为免遭清军凌辱而自杀的日本籍母亲田川氏，自此郁结于胸。

康熙元年（1662）四月，南明最后一位皇帝永历帝被吴三桂绞杀于昆明，郑成功心中郁结终于爆发，于6月23日在台湾去世，年仅三十九岁。死前思及平生，哀嘆，「自国家飘零以来，枕戈泣血十有七年……忠孝两亏，死不瞑目！天乎天乎！吾有何面目见先帝于地下乎！」