洪武二十五年(1392年)，皇太子朱标病死，明太祖立朱标次子朱允炆为皇太孙。朱允炆因生性“颖慧好学，性至孝”，而深得朱元璋的喜爱，朱元璋称赞他“而诚纯孝，顾不忘我乎。”不过，对于这位“仁柔少断”的皇太孙将来继任帝位，朱元璋并不十分满意，曾一度打算更换太子，后因翰林学士刘三吾的劝谏，才没有这样做。

尽管如此，朱元璋对朱允炆的继位仍放心不下。洪武三十一年(1398年)闰五月，朱元璋病故，庙号太祖，皇太孙朱允炆即位为帝。临终前，朱元璋立下遗诏，“皇太孙允炆仁明孝友，天下归心，宜登大位。内外文武臣僚同心辅政，以安吾民”、“诸王临国中，毋至京师”。

朱允炆即位，是为明惠帝，改元建文。尽管有朱元璋的遗诏，不许诸王“入临、会葬”，但燕王朱棣仍直奔京师(今南京)。朱允炆闻讯后，立刻派人持敕，令朱棣返回北平(今北京)，对此朱棣十分不悦。

建文帝即位时，镇守北部边疆的诸王已有很大的权势，宁王朱权“带甲八万，革车六千”。燕王朱棣更握有“节制沿边士马”的重权。朱允炆对这些皇叔们忧心忡忡。建文元年(1399年)正月，朱允炆即位不久，燕王朱棣即遣长史葛诚入朝奏事。朱允炆遂向葛诚密问燕王府之事，葛诚如实禀告，乃派他返回燕王府，作为内应。

葛诚回到燕王府，朱棣见他神色不对，心中不免作疑。随即朱棣亲自入朝，他自恃皇叔身份，径直走皇道入宫，登陛不拜。监察御史曾凤韶弹劾其不敬，户部侍郎卓敬也密奏，以燕王“智虑绝人”，建议将他徙封至南昌，但都被朱允炆以“骨肉至亲”，婉言拒绝。朱棣察觉到朝廷对自己怀有戒心，回燕王府后，便托辞患病，以观事态的变化。