清朝雍正在内阁之外，设立了军机处，这就是所谓的“南书房”。起初，皇帝为了保护军事机密，有许多事情不经内阁，直接有南书房军机处发出。后来变成了习惯，政府实际的重要政令，都在军机处，不在内阁。不过军机处的军机大臣也是由内阁大臣里挑选出来的，如果皇帝不到内阁办公处商量政事，就在军机处秘密商议。相当于皇帝找个几人商量国事。清朝吸取了明朝太监弄权的教训，所以直接把外面的大臣调入皇宫听从调遣。从理论上说，军机处仍是皇帝的私人秘书，算不得朝廷大臣。

清代军机处向六部尚书大臣及各省督抚直接下命令，仍是皇帝拍板决定的。清代政府发命令叫“上谕”。上谕分两种：一种是明发上谕，一种是寄信上谕。明发上谕都是比较不要紧的事情，比如皇帝巡幸、政府官员的升降等以及需要国内都知道的事情等。这种命令一般是内阁拟好，皇帝签发。寄信上谕是不经过内阁拟定，直接由军机处寄发给接受命令的人，命令只有接受命令的人知道，旁人不得而知。开始是为了保密，后来成了习惯，要紧的事情都采用这种形式。这种上谕由军机处拟定，皇帝签发后，加盖印章“办理军机处”。这个印章一盖，谁能不能看。比如有关财政经济问题，送给江苏巡抚，户部大臣都不能看。

在“办理军机处”的人叫军机大臣，名义上是大臣，其实就是皇帝的高级秘书。因为上谕只有拟定上谕的人和皇帝、接受上谕的人知道，基本上全国政治都成秘密了。好处是保证皇帝的权威，坏处是官员不知道朝廷的政策指向。

雍正皇帝比较勤政，除了自己追求，同这军机处设置有关。通过寄发上谕、私派特务这样的统治手段，雍正对全国官员的活动了如指掌，许多人的私生活他都掌握。一切奏章，都是雍正亲批，您说能不累吗？在清朝之前，外面送给皇帝的公事，先送给六部，六部筛选后，呈送皇帝；皇帝拿出的公事，六部也会先看到。等有了军机处，皇帝自己绕开六部，自己操纵国家关键事务，皇帝再能干也是有局限性的。加强了皇权，削弱了朝廷政府的权力，如果皇帝本身是庸才，那耽误的事情就很大了。